Stefan Markowski od 2014 jest profesorem ekonomii i zarządzania w Wyższej Szkole Informatyki i Zarządzania (WSIiZ) w Rzeszowie, gdzie obecnie pełni także funkcję kierownika Katedry Zarządzania. Od 2011 roku Stefan jest również Profesorem Wizytującym w Ośrodku Badań nad Migracjami Uniwersytetu Warszawskiego, w którym obecnie kieruje zespołem badawczym w ramach projektu OPUS 10 „Wpływ akumulacji własności przez migrantów ekonomicznych na ich mobilność i integrację: Polscy migranci w krajach Unii Europejskiej i w Australii” finansowanego przez Narodowe Centrum Nauki. W latach 2011-2014 był profesorem w Wyższej Szkole Europejskiej im J. Tischnera w Krakowie. W drugiej połowie 2017 roku Stefan Markowski będzie również Eisenhower Fellow w NATO Defence College w Rzymie.

Profesor Markowski jest także Akademikiem Wizytującym (Visiting Fellow) w Centrum Studiów Europejskich Australijskiego Uniwersytetu Narodowego (Australian National University) w Canberze. Jego obecne zainteresowania dydaktyczne w UNSW obejmują: zaopatrzenie strategiczne (strategic procurement), logistykę inżynieryjną (logistic engineering), ekonomię obrony narodowej i zarządzanie obronnością. Oprócz tego jego zainteresowania badawcze w dziedzinie obronności skupiają się na kwestiach rozprzestrzeniania broni, zaopatrzenia, polityki przemysłowej i handlu w dziedzinie obrony narodowej oraz międzynarodowej mobilności czynników produkcji, w tym technologii i wiedzy. Dodatkowo prof. Markowski zajmuje się także mobilnością siły roboczej i migracjami.